Hoe kan telers ?n dier se rassesamestelling meer objektief bepaal wanneer stamboomrekords onvolledig is of voorkoms misleidend kan wees? Hierdie artikel verduidelik hoe genomiese toetsing duisende SNP-merkers en bevestigde verwysingspopulasies gebruik om die genetiese bydrae van verskillende rasse te beraam. Dit beskryf SA Stamboek se rassleutel se ontwikkeling van 24 000 SNP-merkers in weergawe 1 na meer as 41 000 in weergawe 2, wat 11 bykomende vleisbeesrasse insluit. Die 3D GeneBox gebruik hoofkomponentontleding (PCA) om genetiese ooreenkomste en verskille visueel voor te stel. Groter, meer verteenwoordigende verwysingspopulasies sal help om die akkuraatheid van toekomstige rasvoorspellings verder te verbeter.
Download this publication
PDF · 186 KB · 1 download
From the document
Objektiewe bepaling van rassesamestelling deur genomika Deur Jason Reding, Marike Hillocks, Hannah Kruger en dr Bobbie van der Westhuizen
se DNS met dié van duisende diere uit bekende rasse te vergelyk, kan die bydrae van elke ras tot sy genetiese samestelling beraam word. Hierdie proses berus op verwysingspopulasies wat uit ’n groot aantal diere bestaan en waarvan die rassesamestelling reeds bevestig is. Hul genomiese profiele dien as die verwysingsbasis waarmee ander diere vergelyk word. Hoe groter en meer verteenwoordigend dié populasies, hoe beter weerspieël hulle die natuurlike variasie binne ’n ras en hoe akkurater word die rasvoorspellings. Die samestelling van hierdie verwysingspopulasies is daarom noodsaaklik. Dit moet die genetiese diversiteit van elke ras so volledig as moontlik verteenwoordig voordat hulle gebruik kan word. Eers dan DNS is die genetiese bloudruk kan enige dier met ’n genomiese profiel Elke dier het ’n unieke DNS-kode wat van direk met hierdie verwysing vergelyk word. sy of haar ouers afkomstig is. Hoewel elke Duisende enkelnukleotied-polimorindividu uniek is, deel diere van dieselfde fismes (SNP)-merkers wat oor die dier se ras kenmerkende dele van hul DNS weens hele genoom versprei is, word gebruik in seleksie oor baie generasies. Deur ’n dier die bepaling van rassesamestelling. Figuur 1: 3D GeneBox met beesrasse in die Elke merker dra ’n klein stukkie tweede weergawe van SA Stamboek se inligting by, maar saam vorm hulle ’n rassleutel ingesluit. betroubare beeld van die genomiese profiel van die dier. Hierdie magdom genetiese inligting word agter die skerms met behulp van statistiese metodes, soos SNP-BLUP (best linear unbiased prediction), saamgevoeg om die mees akkurate skatting van ’n dier se rassesamestelling te verkry. Vir baie jare moes telers op stamboomkennis en diere se fisiese voorkoms staatmaak vir ’n aanduiding van hul rassesamestelling. Hoewel dit in baie gevalle as ’n betroubare metode geag word, het dit beperkings en hang dit dikwels af van die interpretasie van die betrokke persoon. Stamboomrekords kan immers onvolledig of onbetroubaar wees. Boonop kan diere met uiteenlopende genetiese agtergronde baie eenders lyk, wat beteken dat die verskille nie altyd met die blote oog gesien kan word nie. Moderne genomiese ontledings maak dit nou moontlik om die rassesamestelling van ’n dier met hoë akkuraatheid direk vanuit sy DNS te bepaal.
GeneBox en die rassleutel
Elke kolletjie verteenwoordig ’n individuele dier, terwyl elke kleur ’n spesifieke ras aandui. Diere met soortgelyke genetiese samestelling is naby mekaar groepeer.
The opening of the PDF. Download it above for the full document.
